R数据科学–第22章 R Markdown 输出格式
今天是生信星球陪你的第205天
大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~
就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~
这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！
如果你对R语言一无所知，建议先学习《零基础系列》
本系列的参考资料是：学R必备的神书《R数据科学》，如果你还不了解这本书，👇点这里。
系列连载：
目录那么长，而我还在执着地继续加长，愿将来会感谢现在努力的自己。
英文版书籍地址：http://r4ds.had.co.nz/
整本书学完了，记录了这个过程，因此被一些朋友知道和认识，收到过一些鼓励和夸奖，三个月的业余时间，收获不少~接下来找新东西学习了。
1.简介
输出文件设置方法：
① YAML的output
title: “Viridis Demo”
output: html_document
②调用render时临时设置
rmarkdown::render(
“diamond-sizes.Rmd”,
output_format = “word_document”
)
③ knit旁边下拉菜单
2.输出选项
YAML的output可以设置参数来覆盖默认。
每个输出文件格式对应一个函数。
查看帮助文档可设置，格式是冒号结尾，另起一行，tab
3.文档
pdf_document
word_document
odt_document
rtf_document
md_document/github_document
4.notebook
html_notebook(),生成.nb.html文件
包含完整的源代码，用途是协同工作
5.演示文稿
3 种内置格式：
ioslides_presentation
slidy_presentation
beamer_presentation
用法就是把YAML的output设置为对应的格式。
扩展包提供：
revealjs::revealjs_presentation
rmdshower
用#、##和***水平分隔线可以分页。
6.dashboard
把YAML的output设置为flexdashboard::flex_dashboard
• 一级标题（#）创建新页。
• 二级标题（##）创建新列。
• 三级标题（###）创建新行。
7.交互元素
(1)htmlwidgets
能够生成 HTML 可视化元素，YAML的output不需要改
我开心的把经纬度换成了天安门附近的。可以试试用这个网站来找自己的经纬度。
http://www.gzhatu.com/jingweidu.html
library(leaflet) #报错就安装
#> Error in library(leaflet): there is no package called 'leaflet'
leaflet() %>%
setView(116.40, 39.91, zoom = 16) %>%
addTiles() %>%
addMarkers(116.40, 39.91)
#> Error in leaflet() %>% setView(116.4, 39.91, zoom = 16) %>% addTiles() %>% : could not find function "%>%"
(2)shiny
在YMAL中另起一行添加 runtime::shiny，用到shiny包。我有专门的shiny系列奥https://www.jianshu.com/nb/29427894
隔壁生信技能树公益视频合辑（学习顺序是linux，r，软件安装，geo，小技巧，ngs组学！）
国内看B站，教学视频链接：https://m.bilibili.com/space/338686099
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