绘制 m6A peak 在 lncRNA 上的分布

生死看淡,不服来干

1引言

现在 Guitar 包的最新版本为 2.10,好像只能绘制 noncoding RNA上的 peak 分布,而绘制 lncRNA 上的 peak 分布功能不见了。今天找了一下,发现 1.50 的版本可以,在 githup 上面,以下是 Guitar 这个包发的文章里的图:

文章为: Guitar: An R/Bioconductor Package for Gene Annotation Guided Transcriptomic Analysis of RNA-Related Genomic Features

下面是文章介绍对 lncRNA 取 bins 的原理示意图:

Guitar 的 workflow:

2安装

用 bioconductor 安装的是最新版的,我们按照 githup 上面的版本:

devtools::install_github('lzcyzm/Guitar')

3使用

我们使用测试数据:

library(Guitar)

# 加载测试数据
narrowPeak <- system.file(
  "extdata", "m6A_hg19_1000peaks_macs2.narrowPeak",
  package="Guitar")

# 转为GRanges格式
m6A_Bcell <- narrowPeaktoGRanges(narrowPeak)

# 分组
m6A_Bcell_1 <- m6A_Bcell[1:300]
m6A_Bcell_2 <- m6A_Bcell[301:600]
m6A_Bcell_3 <- m6A_Bcell[601:900]

# 存放于list中
feature_hg19 <- list(m6A_Bcell_1, m6A_Bcell_2, m6A_Bcell_3)

# 分组命名
names(feature_hg19) <- c("Group_1","Group_2","Group_3")

# 加载注释文件
txdb_file <- system.file("extdata", "hg19_toy.sqlite",
                         package="Guitar")
txdb <- loadDb(txdb_file)

# 或者在线获取
# Or use makeTxDbFromUCSC() to download TxDb from internet
# txdb <- makeTxDbFromUCSC(genome="hg19)

# 构建Guitar的坐标
gc_txdb <- makeGuitarCoordsFromTxDb(txdb, noBins=20)
[1] "total 1932 transcripts extracted ..."
[1] "total 1043 transcripts left after ambiguity filter ..."
[1] "total 471 mRNAs left after component length filter ..."
[1] "total 148 ncRNAs left after ncRNA length filter ..."
[1] "Building Guitar Coordinates. It may take a few minutes ..."
[1] "Guitar Coordinates Built ..."

默认绘图:

# 默认绘图
GuitarPlot(gfeatures = feature_hg19,
           GuitarCoordsFromTxDb = gc_txdb)
[1] "Using provided Guitar Coordinates"
[1] "resolving ambiguious features ..."
[1] "no figure saved ..."

使 5UTR,CDS,3UTR 区域相等:

# 不对5utrcds3utr 进行scale
GuitarPlot(gfeatures = feature_hg19,
           GuitarCoordsFromTxDb = gc_txdb,
           rescaleComponent=FALSE)
[1] "Using provided Guitar Coordinates"
[1] "resolving ambiguious features ..."
[1] "no figure saved ..."

绘制出上下游区域,改为堆叠型:

# 填充型
GuitarPlot(gfeatures = feature_hg19,
           GuitarCoordsFromTxDb = gc_txdb,
           includeNeighborDNA =TRUE,
           rescaleComponent=FALSE,
           fill=TRUE)
[1] "Using provided Guitar Coordinates"
[1] "resolving ambiguious features ..."
...

此外还支持其他格式的输入数据,如 bed3,bam 等:

大家可以自己取尝试探索。

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