豆豆的单细胞教程目录

今天应该豆豆发推文，但是，他睡着了。我帮他找了一篇单细胞目录，给各位投个食。

–本来不该冒泡的神秘花

以下是豆豆的正文

最初接触单细胞纯属好奇，那时的我主要任务是无参转录组，自己思考🤔如何构建分析流程。
闲来无事，就会看看有什么新鲜的方法，碰巧看上了单细胞分析
当然，目前也没有接触实际的课题，只是不断做了知识储备而已

1 豆豆在小星球的那些学习记录

最早应该是18年7月，首次接触到这个名词，后来零零散散地学了一些。但毕竟压力即是生产力，当时没有这方面的需求，只是感兴趣，作为一个业余读物。

2018年的知识

豆豆文献阅读第三天

豆豆文献阅读第四天

单个细胞的测序？

单细胞测序之原始数据处理

继续接受你的挑战～Single cell

2019年的知识

有一些放在了简书，没有发布公众号

系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(一)

系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(二)

系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(三)

系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(四)

知根知底才能有的放矢

单细胞转录组数据校正批次效应实战（上）

单细胞转录组数据校正批次效应实战（中）

单细胞Seurat包升级之2,700 PBMCs分析（上）

跟着官网学习单细胞Monocle V3包（上）

跟着官网学习单细胞Monocle V3包（下）

scRNA表达矩阵的基因层面检查

关于细胞周期推断的知识更新

如何对低质量细胞进行质控检验

对细胞文库差异进行normalization

降维后进行细胞聚类分群

细胞聚类分群后检测marker基因

降维后进行可视化

Do You Miss Me？

花花你真可爱

送你个对象

自己动手，丰衣足食~改造inferCNV的热图

2 刘小泽在单细胞天地的那些学习记录

观看了隔壁技能树Jimmy录制的视频，建议从基础看起，边听边思考边记录
有对单细胞感兴趣的小伙伴也可以去看看视频：
http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53https://study.163.com/course/introduction/1209596822.htm

第一期——单细胞基础视频

（一）听说课程配笔记，学习无压力

（二）单细胞转录组学习笔记-2

（三）单细胞转录组上游分析之shell回顾

（四）获取Github代码包以及准备工作

（五）常说的表达矩阵，那得到之后呢？

（六）由表达矩阵看内部异质性

（七）重复平均表达量和变异系数相关性散点图

（八）聚类算法之PCA与tSNE

（九）统计细胞检测的基因数量

（十）乳腺癌领域之PAM50分类

（十一）生物学背景知识之细胞周期推断

（十二）RPKM概念及计算方法

（十三）差异分析及KEGG注释简介

（十四）学习scRNAseq这个R包

（十五）利用scRNAseq包学习scater

（十六）用Scater包分析文章数据

（十七）用Seurat包分析文章数据（二）

（十八）scRNA包学习Monocle2

（十九）使用monocle2分析文章数据

（二十）使用作者代码重复结果

（二十一）基因在任意癌症表达量相关性

（二十二）评估任意基因集在癌症的表现

（二十三）多个基因集相关性热图

第二期——单细胞进阶视频

免疫治疗

10X scRNA免疫治疗学习笔记1-前言

10X scRNA免疫治疗学习笔记-2-配置Seurat的R语言环境

10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-Seurat标准流程

10X scRNA免疫治疗学习笔记-4-细胞亚群的生物学命名

10X scRNA免疫治疗学习笔记-5-差异分析及可视化

10X scRNA免疫治疗学习笔记-6-marker基因的表达量可视化

10X scRNA免疫治疗学习笔记-7-条条道路通罗马—单细胞分群分析

发育

scRNA小鼠发育Smartseq2流程—前言及上游介绍

根据表达矩阵进行分群-1

根据表达矩阵进行分群-2

标记基因可视化

差异分析及功能注释（上）

差异分析及功能注释（下）