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      • 听说你的桑基图也无法保存?

      听说你的桑基图也无法保存?

      • 发布者 weinfoeditor
      • 分类 生信星球
      • 日期 2021年2月8日
      测试开头
      听说你的桑基图也无法保存?听说你的桑基图也无法保存? 今天是生信星球陪你的第786天听说你的桑基图也无法保存?

         大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~
         就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~
         这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!

      花花写于2021.2.8

      我承认我膨胀了,我不按时写推文了,我错了,我来了,得跟豆豆商量一下不写推文的惩罚机制了,检讨,反思,过年补课。

      言归正传,之前写过画桑基图和网络图的推文:来玩一下会动的网络图和桑基图。今天发现,桑基图居然没办法直接保存为pdf,png这些常用的格式。搜索了一下,发现需要借助外力–webshot包。

      1.画桑基图

      library(tidyverse)
      library(navdata)
      library(networkD3)
      data("phone.call2")
      nodes <- phone.call2$nodes;head(nodes)
      ## # A tibble: 6 x 2
      ##      id label   
      ##   <int> <chr>   
      ## 1     1 France  
      ## 2     2 Belgium 
      ## 3     3 Germany 
      ## 4     4 Danemark
      ## 5     5 Croatia 
      ## 6     6 Slovenia
      edges <- phone.call2$edges;head(edges)
      ## # A tibble: 6 x 3
      ##    from    to weight
      ##   <int> <int>  <dbl>
      ## 1     1     3      9
      ## 2     2     1      4
      ## 3     1     8      3
      ## 4     1     9      4
      ## 5     1    10      2
      ## 6     1    11      3
      nodes_d3 <- mutate(nodes, id = id - 1);head(nodes_d3)
      ## # A tibble: 6 x 2
      ##      id label   
      ##   <dbl> <chr>   
      ## 1     0 France  
      ## 2     1 Belgium 
      ## 3     2 Germany 
      ## 4     3 Danemark
      ## 5     4 Croatia 
      ## 6     5 Slovenia
      edges_d3 <- mutate(edges, from = from - 1, to = to - 1);head(edges_d3)
      ## # A tibble: 6 x 3
      ##    from    to weight
      ##   <dbl> <dbl>  <dbl>
      ## 1     0     2      9
      ## 2     1     0      4
      ## 3     0     7      3
      ## 4     0     8      4
      ## 5     0     9      2
      ## 6     0    10      3
      p = sankeyNetwork(
        Links = edges_d3, Nodes = nodes_d3, 
        Source = "from", Target = "to", 
        NodeID = "label", Value = "weight",
        fontSize = 16, unit = "Letter(s)")
      p
      听说你的桑基图也无法保存?

      2.保存

      主要是因为这个桑基图是互动式的。只能导出为html,没有其它选项。如果是forceNetwork出的图,可以在这里手动点保存输出,可桑基图不行。

      network3D自带一个saveNetwork函数,只能导出html。

      saveNetwork(p,"sankey.html")

      这个函数刚好可以对接webshot,把html保存为pdf或者png,干就完事!

      这个包需要依赖phantomjs,我搜到的结果是需要自己装,结果发现作者把安装的动作也写成R语言函数了,非常舒适。

      library(webshot)
      if(!is_phantomjs_installed()){
        install_phantomjs()
      }
      is_phantomjs_installed()
      ## [1] TRUE

      只要上面是TRUE了,保存就没有问题。

      webshot("sankey.html" , "sankey.png")
      webshot("sankey.html" , "sankey.pdf")
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      测试结尾

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