ggplot 绘制小提琴图+箱线图+统计检验

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1引言

我在知识星球分享了一个图,有小伙伴在下方留言说想要代码,今日分享一下绘图代码:

原图:

也欢迎感兴趣的小伙伴加入进来:

2绘图

准备数据:

library(tidyverse)
library(ggpubr)

df <- read.csv('YTHDF1_mRNA_pancan_dist.csv') %>%
  filter(tissue %in% c('ACC','BLCA','KICH','KIRC','PCPG','PRAD','READ','UCS'))

colnames(df)
# [1] "tpm"     "tissue"  "type2"   "sample"  "dataset"

# check
head(df)
#     tpm tissue  type2                  sample dataset
# 1 4.804   KIRC normal         TCGA-B2-5641-11    TCGA
# 2 4.333   READ normal GTEX-WQUQ-2526-SM-4MVNO    GTEX
# 3 4.583   PRAD  tumor         TCGA-EJ-7125-01    TCGA
# 4 4.485   PRAD  tumor         TCGA-KK-A7B3-01    TCGA
# 5 4.783   KIRC  tumor         TCGA-BP-4765-01    TCGA
# 6 3.806   KIRC  tumor         TCGA-CZ-5459-01    TCGA

这里只挑选了 8 个癌症及其正常组织的样本来画图。

绘图:

# plot
ggplot(df,aes(x = tissue, y = log2(tpm+0.1),fill = type2)) +
  # 小提琴图层
  geom_violin(position = position_dodge(0.9),alpha = 0.5,
              width = 1.2,trim = T,
              color = NA) +
  # 箱线图图层
  geom_boxplot(width = .2,show.legend = F,
               position = position_dodge(0.9),
               color = 'grey20',alpha = 0.5,
               outlier.color = 'grey50') +
  # 主题调整
  theme_bw(base_size = 16) +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45,hjust = 1,color = 'black'),
        legend.position = 'top',
        aspect.ratio = 0.4) +
  # 颜色设置
  scale_fill_manual(values = c('normal'='#398AB9','tumor'='red'),
                    name = '') +
  # 添加显著性标记
  stat_compare_means(aes(group=type2),
                     symnum.args=list(cutpoints = c(0, 0.001, 0.01, 0.05, 1),
                                      symbols = c("***", "**", "*", "NS")),label = "p.signif",
                     label.y = 3,size = 5) +
  ylim(0.5,3.5)

3结尾

小伙伴们可以自行拿数据进行尝试。

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