ggplot 绘制 CNS 级别漂亮峰图

人生本没有意义,为了寻找意义而活着

1引言

很多表观相关的高分文献经常性的会出现基因的峰图,我们可以拿 bigwig 文件导入基因组浏览器中(例如 IGV)进行可视化:

文章: Set1 Targets Genes with Essential Identity and Tumor-Suppressing Functions in Planarian Stem Cells

文章: NF-kB directs dynamic super enhancer formation in inflammation and atherogenesis

但是在后期我们想要将筛选到的靶基因做成漂亮的峰图能够放到文章中时,也许需要较多的时间来修图,而且不方便。

例如 IGV 软件只能导出PNG或者SVG格式的图片,还非常不美观,需要手动进行修改处理。

我们来挑战一下用 ggplot 能否画出这些图,两个挑战。如果能够绘制,那么就可以随心所欲进行各种细节调整,然后可以基本上放进文章里了。

• 1.如何绘制基因结构?
• 2.如何绘制峰图?

以下是探索结果:

2介绍

这是 IGV 展示的结果:

对于蛋白编码基因,最粗的代码 CDS 区,两边较细的分别是 5UTR 和 3UTR 区,最细的线为 intron,线上的箭头为 转录的方向。对于非编码 RNA,基因结构图 粗细则是一样 的: