理解autodock分子对接思路和流程–系列导读

豆豆说：不知不觉300天了，感谢和我们一起学习的朋友们，你们的加入让我们的小星球越来有活力，也同时给了我们更多坚持推送、努力学习的动力。感谢花花，一路走来始终相伴，真的没想到我们最后会同样在生信学习之路上齐驱。这几个月我们见证了对方的进步，也见证了十三期学员们的进步。我们希望，带给大家的不简单是答案，而是一种解决问题的思想。知识是容易遗忘的，那就把它收集起来吧，放到你喜欢的公众平台，闲来无事看一看，方便他人愉悦自己。最后，祝愿我们小球民都是一个终身学习者！

花花表示没时间写感想了，一到周五就在路上的我啊啊啊啊啊，300天的时候我们兵荒马乱在准备毕业的事情，400天的时候应该在珠海定居散步看风景了吧，黎明前的黑暗。

准备工作

设置工作目录，用pymol去除水分子，分离蛋白和小分子，得到各自的pdb文件。

（如果是预测得到的蛋白pdb，那就直接拿来用咯，如果是已知结构可从pdb数据库下载。需要分离或者查找到小分子的3d结构。推荐的网址：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=Top）

蛋白质的三维结构是这样来的：蛋白质三维结构预测、结果解读与评分

也可能是这样来的：Autodock分子对接–1. 准备工作（用pymol查看三维结构，去除水分子，分离蛋白和小分子）

第一步：准备坐标文件（pdbqt）

pdbqt是AutoDock 特定的坐标文件格式，包括：
1）极性氢原子；
2）局部电荷；
3）原子类型
4）柔性分子的节点信息
因此，将蛋白和小分子各自导出为pdbqt文件：
蛋白：加氢、计算电荷、添加原子类型
小分子：加氢、计算电荷、确定root（扭矩中心），选择可旋转的键。
注意：小分子作为配体，它的读取和导出都在Ligand菜单进行。

Autodock分子对接–2.蛋白和小分子的预处理（导出PDBQT）

第二步：Grid

利用 AutoDockTools 创建 grid 格点参数文件(GPF)，主要是设置gridbox的中心坐标和大小。
运行autogrid，工作目录会多出一个glg文件和一些mapping文件。

第三步：docking

在 AutoDockTools 中生成对接参数文件(DPF)，包括算法和对接参数。
运行autodock，工作目录会多出一个dlg文件。

第四步：分析对接结果-Analyze

使用 AutoDockTools 分析对接结果dlg文件，选择最好的导出为pdbqt，再转换为pdb格式。

Autodock分子对接–完结撒花！