如何用Conda安装GATK？
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测试结尾
今天是生信星球陪你的第716天
大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~
就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~
这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！
豆豆写于2020.9.2
不知你注意没有，花花已经很久没露面了，估计最近会复出，敬请期待…
现在conda的使用越来越方便，用的人也越来越多，就是因为学习成本简单，比较容易上手，并且不需要root权限以及修改bashrc配置文件。另外，它需要依赖Python和R，有时不知怎的就加载不出来依赖包，因此使用conda安装对于新手是个不错的选择
下载GATK
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目前最新版是4.1.8.1 （2020.7.21）
https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.8.1/gatk-4.1.8.1.zip -
全部的版本链接在：https://github.com/broadinstitute/gatk/releases
下载后解压
# 在该目录下
conda env create -n gatk -f gatkcondaenv.yml -y
检查是否成功
python -c "import vqsr_cnn"
# 出现：Using TensorFlow backend，则成功
# 出现：ImportError: No module named vqsr_cnn，则失败
如果以后要更新gatk
需要先卸载掉原来的小环境，再重新安装，否则会产生报错，比如：
CondaValueError: prefix already exists: /anaconda2/envs/gatk
安装的正确方法：
source deactivate
conda env remove -n gatk
# 然后重新运行上面的安装代码
另外gatk运行还需要依赖Java
先进入到gatk小环境，再安装openjdk即可
conda install -c conda-forge openjdk
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