测试开头

今天是生信星球陪你的第7天

　你想找辆共享单车，发现满街都是别家车，没有一辆你能骑。

　　你想学点生信，搜了“初学者教程”，满眼尽是高大上，没有一句能看懂。

　　终于你跨越茫茫宇宙，来到生信星球，发现了初学者的新大陆！

前两天我们认识了常用的数据格式和测序原理，那么问题来了：我们刚拿到的“烫手山芋”到底如何能判断是否符合我们的需要呢？今天我们就跟随豆豆来看看，如何对自己的raw data进行质量控制。

1 为何质控

我们已经知道了大多数的测序都是使用化学方法的边合成边测序，那么随着合成链的延伸，聚合酶的效率会下降，错误率会上升，而这种错误率的大小，直接关系到后来我们分析的准确程度。

质量控制相当于数据分析流水线上的第一个环节，源头把关不好，之后的产品会出现参差不齐的质量，极其不稳定～ 结果好不好，质控很重要！！

2 软件安装

我们来复习下如何安装软件吧：

利用conda自动安装fastqc, 直接conda install fastqc，它会自动把fastqc依赖的java安装好，并且自动配置了环境变量；

如果自己喜欢DIY,不喜欢自己的环境变量被conda污染，那么可以

首先新建文件夹mkdir fastqc && cd fastqc，放哪里看自己心情咯 – ->
然后去下载
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip 再修改权限chmod 755 fastqc
一般服务器的java是配置好的，如何检查？java -version
如果自己的目录中没有，服务器其他目录中也会有，拷贝到自己的环境变量就好
cp xxx的java ~/.bashrc。如果自己有root权限可以自己安装，这个教程这里先不展开，有需要的自行搜索。