两种方法批量做TCGA生存分析

测试开头

今天是生信星球陪你的第518天

大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~

就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！

花花写于2020-01-07

本系列是我的TCGA学习记录，跟着生信技能树B站课程学的，已获得授权（嗯，真的^_^）。课程链接：https://www.bilibili.com/video/av49363776

TCGA-1.数据下载

TCGA2.GDC数据整理

TCGA3.R包TCGA-biolinks下载数据

TCGA-4.使用RTCGA包获取数据

TCGA-5.GDC数据整理-后续（含情感体验）

TCGA-6.（转录组）差异分析三大R包及其结果对比

1.准备R包

1if(!require(survival))install.packages("survival")
2if(!require(survminer))install.packages("survminer")
3if(!require(stringr))install.packages("stringr")

2.输入数据

需要表达矩阵expr和临床信息meta。
（变量名无实际意义，但不要轻易修改，改了前面就要改后面，流程很长，改起来麻烦）

 1rm(list=ls())
 2options(stringsAsFactors = F)
 3Rdata_dir='./Rdata/'
 4Figure_dir='./figures/'
 5# 加载上一步从RTCGA.miRNASeq包里面提取miRNA表达矩阵和对应的样本临床信息。
 6load( file = 
 7        file.path(Rdata_dir,'TCGA-KIRC-miRNA-example.Rdata')
 8)
 9dim(expr)
10#> [1] 552 593
11dim(meta)
12#> [1] 537   8
13group_list=ifelse(as.numeric(substr(colnames(expr),14,15)) < 10,'tumor','normal')
14table(group_list)
15#> group_list
16#> normal  tumor 
17#>     71    522

3.整理表达矩阵和临床信息

这里做生存分析，已经不需要正常样本的表达矩阵了，所以需要过滤。临床信息需要进行整理。

 1exprSet=na.omit(expr)
 2exprSet=exprSet[,group_list=='tumor']
 3dim(exprSet)
 4#> [1] 552 522
 5str(meta)
 6#> 'data.frame':    537 obs. of  8 variables:
 7#>  $ patient.bcr_patient_barcode                : chr  "tcga-3z-a93z" "tcga-6d-aa2e" "tcga-a3-3306" "tcga-a3-3307" ...
 8#>  $ patient.vital_status                       : chr  "alive" "alive" "alive" "alive" ...
 9#>  $ patient.days_to_death                      : chr  NA NA NA NA ...
10#>  $ patient.days_to_last_followup              : chr  "4" "135" "1120" "1436" ...
11#>  $ patient.race                               : chr  "black or african american" "black or african american" "white" NA ...
12#>  $ patient.age_at_initial_pathologic_diagnosis: chr  "69" "68" "67" "66" ...
13#>  $ patient.gender                             : chr  "male" "female" "male" "male" ...
14#>  $ patient.stage_event.pathologic_stage       : chr  "stage i" "stage i" "stage i" "stage iii" ...
15colnames(meta)=c('ID','event','death','last_followup','race','age','gender','stage')
16#调整ID和表达矩阵内容和顺序都一样
17head(meta$ID)
18#> [1] "tcga-3z-a93z" "tcga-6d-aa2e" "tcga-a3-3306" "tcga-a3-3307" "tcga-a3-3308"
19#> [6] "tcga-a3-3311"
20meta$ID=str_to_upper(meta$ID) 
21meta=meta[match(substr(colnames(exprSet),1,12),meta$ID),]
22head(meta$ID)
23#> [1] "TCGA-A3-3307" "TCGA-A3-3308" "TCGA-A3-3311" "TCGA-A3-3313" "TCGA-A3-3316"
24#> [6] "TCGA-A3-3317"
25head(colnames(exprSet))
26#> [1] "TCGA-A3-3307-01A-01T-0860-13" "TCGA-A3-3308-01A-02R-1324-13"
27#> [3] "TCGA-A3-3311-01A-02R-1324-13" "TCGA-A3-3313-01A-02R-1324-13"
28#> [5] "TCGA-A3-3316-01A-01T-0860-13" "TCGA-A3-3317-01A-01T-0860-13"

4.整理生存分析输入数据

 1#1.1由随访时间和死亡时间计算生存时间
 2meta[,3][is.na(meta[,3])]=0
 3meta[,4][is.na(meta[,4])]=0
 4meta$days=as.numeric(meta[,3])+as.numeric(meta[,4])
 5#时间以月份记
 6meta$time=meta$days/30 
 7#1.2 根据生死定义event，活着是0，死的是1
 8meta$event=ifelse(meta$event=='alive',0,1)
 9table(meta$event)
10#> 
11#>   0   1 
12#> 364 158
13#1.3 年龄和年龄分组
14meta$age=as.numeric(meta$age)
15meta$age_group=ifelse(meta$age>median(meta$age),'older','younger')
16table(meta$age_group)
17#> 
18#>   older younger 
19#>     244     278
20#1.4 stage
21library(stringr) 
22meta$stage=str_split(meta$stage,' ',simplify = T)[,2]
23table(meta$stage)
24#> 
25#>   i  ii iii  iv 
26#> 258  57 124  83
27#1.5 race
28table(meta$race)
29#> 
30#>                     asian black or african american                     white 
31#>                         8                        58                       448

5.生存分析绘图

5.1 简单绘图（性别）

1library(survival)
2library(survminer)
3sfit <- survfit(Surv(time, event)~gender, data=meta)
4ggsurvplot(sfit, conf.int=F, pval=TRUE)

1ggsurvplot(sfit,palette = c("#E7B800", "#2E9FDF"),
2           risk.table =TRUE,pval =TRUE,
3           conf.int =TRUE,xlab ="Time in months", 
4           ggtheme =theme_light(), 
5           ncensor.plot = TRUE)

5.2 多个生存分析拼图(性别和年龄)

1sfit1=survfit(Surv(time, event)~gender, data=meta)
2sfit2=survfit(Surv(time, event)~age_group, data=meta)
3splots <- list()
4splots[[1]] <- ggsurvplot(sfit1,pval =TRUE, data = meta, risk.table = TRUE)
5splots[[2]] <- ggsurvplot(sfit2,pval =TRUE, data = meta, risk.table = TRUE)
6arrange_ggsurvplots(splots, print = TRUE,  ncol = 2, nrow = 1, risk.table.height = 0.4)

1dev.off()
2#> RStudioGD 
3#>         2

可以很明显看到，肿瘤病人的生存受着诊断癌症的年龄的影响，却与性别无关。

5.3 挑选感兴趣的（多个）基因做生存分析

来自于文章：2015-TCGA-ccRCC-5-miRNAs-signatures
Integrated genomic analysis identifies subclasses and prognosis signatures of kidney cancer
miR-21,miR-143,miR-10b,miR-192,miR-183

1gs=c('hsa-mir-21','hsa-mir-143','hsa-mir-192',
2     'hsa-mir-183') 
3splots <- lapply(gs, function(g){
4  meta$gene=ifelse(exprSet[g,]>median(exprSet[g,]),'high','low')
5  sfit1=survfit(Surv(time, event)~gene, data=meta)
6  ggsurvplot(sfit1,pval =TRUE, data = meta, risk.table = TRUE)
7}) 
8arrange_ggsurvplots(splots, print = TRUE,  
9                    ncol = 2, nrow = 2, risk.table.height = 0.4)

6. 批量生存分析

6.1 log-rank方法

对每个基因（在这个例子里是miRNA）求了p值。

 1mySurv=with(meta,Surv(time, event))
 2log_rank_p <- apply(exprSet , 1 , function(gene){
 3  # gene=exprSet[1,]
 4  meta$group=ifelse(gene>median(gene),'high','low')  
 5  data.survdiff=survdiff(mySurv~group,data=meta)
 6  p.val = 1 - pchisq(data.survdiff$chisq, length(data.survdiff$n) - 1)
 7  return(p.val)
 8})
 9log_rank_p=sort(log_rank_p)
10table(log_rank_p<0.01) 
11#> 
12#> FALSE  TRUE 
13#>   464    88
14table(log_rank_p<0.05) 
15#> 
16#> FALSE  TRUE 
17#>   401   151

结果是88个基因的p<0.01,151个基因的p<0.05。

6.2 cox方法

 1cox_results <-apply(exprSet , 1 , function(gene){
 2  # gene= exprSet[1,]
 3  group=ifelse(gene>median(gene),'high','low') 
 4  survival_dat <- data.frame(group=group,stage=meta$stage,age=meta$age,
 5                             gender=meta$gender,
 6                             stringsAsFactors = F)
 7  m=coxph(mySurv ~ gender + age + stage+ group, data =  survival_dat)
 8
 9  beta <- coef(m)
10  se <- sqrt(diag(vcov(m)))
11  HR <- exp(beta)
12  HRse <- HR * se
13
14  #summary(m)
15  tmp <- round(cbind(coef = beta, se = se, z = beta/se, p = 1 - pchisq((beta/se)^2, 1),
16                     HR = HR, HRse = HRse,
17                     HRz = (HR - 1) / HRse, HRp = 1 - pchisq(((HR - 1)/HRse)^2, 1),
18                     HRCILL = exp(beta - qnorm(.975, 0, 1) * se),
19                     HRCIUL = exp(beta + qnorm(.975, 0, 1) * se)), 3)
20  return(tmp['grouplow',])
21
22})
23cox_results=t(cox_results)
24table(cox_results[,4]<0.01)
25#> 
26#> FALSE  TRUE 
27#>   492    60
28table(cox_results[,4]<0.05)
29#> 
30#> FALSE  TRUE 
31#>   428   124

结果是60个基因的p<0.01,124个基因的p<0.05。

7.对生存影响显著的基因可视化（热图和PCA）

将p<0.05的基因表达矩阵筛选出来，作图看看

 1library(pheatmap)
 2choose_gene_rank=names(log_rank_p[log_rank_p<0.05])
 3choose_matrix_rank=expr[choose_gene_rank,]
 4source("3-plotfunction.R")
 5
 6h1 = draw_heatmap(choose_matrix_rank,group_list)
 7p1 = draw_pca(log(choose_matrix_rank+1),group_list)
 8
 9choose_gene_cox=rownames(cox_results[cox_results[,4]<0.05,])
10choose_matrix_cox=expr[choose_gene_cox,]
11
12h2 = draw_heatmap(choose_matrix_cox,group_list)
13p2 = draw_pca(log(choose_matrix_cox+1),group_list)
14library(patchwork)
15(h1 + h2)/(p1 + p2)