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      • R数据科学–第21章 图形化沟通

      R数据科学–第21章 图形化沟通

      • 发布者 weinfoeditor
      • 分类 生信星球
      • 日期 2018年11月29日
      测试开头

      今天是生信星球陪你的第203天


         大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~

         就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~

         这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!


      如果你对R语言一无所知,建议先学习《零基础系列》

      本系列的参考资料是:学R必备的神书《R数据科学》,如果你还不了解这本书,👇点这里。

      强行解锁R语言入门新姿势

      系列连载:

      R数据科学–初见

      R数据科学–详解ggplot2

      R数据科学–插播dplyr习题

      R数据科学–第三章dplyr

      R数据科学–第五章 EDA

      R数据科学–第七章 tibble

      R数据科学–第八章 readr

      R数据科学–第九章 dplyr处理关系数据

      R数据科学–第十章 使用stringr处理字符串(上)

      R数据科学–第十章 使用stringr处理字符串(下)

      R数据科学–第十一章 forcats处理因子

      R数据科学–第十三章 管道操作

      R数据科学–第十四章 函数

      R数据科学–第十五章 向量(上)

      R数据科学–第十五章 向量(下)

      R数据科学–第十六章 purrr(上)

      R数据科学–第十六章 purrr(下)

      R数据科学 17章 modelr

      R数据科学 18章 模型构建

      R数据科学 19章 处理多个模型

      R数据科学 20章 R Markdown

      目录那么长,而我还在执着地继续加长,愿将来会感谢现在努力的自己。

      (有人吐槽我17章后用了阿拉伯数字,吼吼,有什么意见可以讲哇,但是,我又不改,啦啦啦。简书的格式是统一的哩)

      英文版书籍地址:http://r4ds.had.co.nz/

      关于ggplot我感觉第一章讲的蛮好,这一章说的有些乱,可以参考我之前写的ggplot系列。因为有很多重复内容,我写的不太详细。

      1.准备工作

      library(ggplot2)
      library(tidyverse)
      ##另外两个扩展包用显式引用,不加载了

      2. 标签

      也就是label 可以实行的修改有:

      (1)标题类

      标题title、副标题subtitle、右下角caption

      #书上的代码有误,paste没加逗号而且少一个括号
      ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
      geom_point(aes(color = class)) +
      geom_smooth(se = FALSE) +
      labs(title ="Fuel efficiency generally decreases withengine size")
      ## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'


      加上副标题和右下角:


      #书上的代码又是多处错误
      ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
      geom_point(aes(color = class)) +
      geom_smooth(se = FALSE) +
      labs(title = "Fuel efficiency generally decreases with engine size",
      subtitle =
      "Two seaters (sports cars) are an exception because of their light weight",
      caption = "Data from fueleconomy.gov"
      )

      ## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

      (2) 坐标轴和图例标题

      默认的坐标轴、图例标题都是变量名

      ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
      geom_point(aes(color = class)) +
      geom_smooth(se = FALSE) +
      labs(
      x = "Engine displacement (L)",
      y = "Highway fuel economy (mpg)",
      colour = "Car type"
      )
      ## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

      坐标轴标题用数学公式替代

      df <- tibble(
      x = runif(10),
      y = runif(10)
      )
      ggplot(df, aes(x, y)) +
        geom_point() +
        labs(
            x = quote(sum(x[i] ^ 2, i == 1, n)),
            y = quote(alpha + beta + frac(delta, theta))
      )

      3. 注释

      文字注解,geom_text() 结合label

      跳过有问题的 直接看比较好的啦
      亮点:圈出了想要标记的点,自动调整标签位置以免重叠

      best_in_class <- mpg %>%
      group_by(class) %>%
      filter(row_number(desc(hwy)) == 1)
      ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
      geom_point(aes(color = class)) +
      geom_point(size = 3, shape = 1, data = best_in_class) +
      ggrepel::geom_label_repel(
      aes(label = model),
      data = best_in_class
      )

      不显示图例,直接把颜色分类依据覆盖在原图上

      class_avg <- mpg %>%
      group_by(class) %>%
      summarize(
      displ = median(displ),
      hwy = median(hwy)
      )
      ggplot(mpg, aes(displ, hwy, colour = class)) +
        ggrepel::geom_text_repel(aes(label = class),
          data = class_avg,
          size = 6,
          label.size = 0,
          segment.color = "blue"
        ) +
        geom_point() +
        theme(legend.position = "none")
      ## Warning: Ignoring unknown parameters: label.size

      我发现我运行出的结果和中文书英文书结果都不一样,这就比较怀疑人生。然后简单研究了一下ggrepel这个包,发现中文书的代码应该是把geom_label_repel改成了geom_text_repel,而segment.color指的是引导线的颜色,根本没必要设置,因为设置的点比较少,并不会出现引导线。(后来又感觉毫无意义)

      关于引导线的理解运行下面代码即可,改动下面的颜色就可以知道设置的是哪里啦。

      ggplot(mtcars,
                  aes(wt, mpg, label = rownames(mtcars), colour = factor(cyl))) +
        geom_point()+
      geom_label_repel(aes(fill=factor(cyl)), colour="white", segment.colour="blue")
      (label <- mpg %>%
      summarize(
      displ = max(displ),
      hwy = max(hwy), #这个是最右上角那个点的坐标
      label =
      "Increasing engine size is nrelated to decreasing fuel economy."
      ))
      ## # A tibble: 1 x 3
      ##   displ   hwy label                                                       
      ##   <dbl> <dbl> <chr>                                                       
      ## 1     7    44 "Increasing engine size is nrelated to decreasing fuel eco…
      ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
      geom_point() +
      geom_text(
      aes(label = label), #label那一列赋值给label参数
      data = label, #label数据框
      vjust = "top",
      hjust = "right" #这是让点位于label的右上角
      )

      让label紧贴右上角

      #又是一段paste错代码
      label <- tibble(
      displ = Inf,
      hwy = Inf,
      label = 
      "Increasing engine size is nrelated todecreasing fuel economy."
      )
      ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
      geom_point() +
      geom_text(
      aes(label = label),
      data = label,
      vjust = "top",
      hjust = "right"
      )

      4.标度

      指的是坐标轴上的刻度、名称和图例单行的名称

      图例布局:整体位置通过theme(legend.position)来设置,left、right、top、botttom和none可选。

      颜色映射可用scale_color_brewer(palette = “”)调整, http://colorbrew2.org 给出了很多分类标度使用的配色, 使红绿对比更强烈,即使患有红绿色盲症也可区分。 scale_color_viridis()则给出了连续模拟(成为渐变色)

      形状映射则可以在黑白图中发挥作用。

      5.缩放

      coord_cartesian()可设置 xlim 和 ylim 参数值,以确定缩放范围。这是局部放大,模拟曲线还是按照所有数据来做的,不同于取子集。

      同一张图拆分(缩放)为系列图形,使用同样的标度:

      先将标度设置好并赋值,后添加。

      suv <- mpg %>% filter(class == "suv")
      compact <- mpg %>% filter(class == "compact")

      x_scale <- scale_x_continuous(limits = range(mpg$displ))
      y_scale <- scale_y_continuous(limits = range(mpg$hwy))
      col_scale <- scale_color_discrete(limits = unique(mpg$drv))

      ggplot(suv, aes(displ, hwy, color = drv)) +
      geom_point() +
      x_scale +
      y_scale +
      col_scale
      ggplot(compact, aes(displ, hwy, color = drv)) +
      geom_point() +
      x_scale +
      y_scale +
      col_scale

      6.主题theme

      默认的主题是灰色背景白线格子,可通过theme修改

      ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
      geom_point(aes(color = class)) +
      geom_smooth(se = FALSE) +
      theme_bw()
      ## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

      7.保存图形-ggsave()

      ggplot我写了详细的一个系列,应该也很好理解^_^


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      R数据科学--第21章 图形化沟通

      测试结尾

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      2018年12月1日

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