生信小白第18天–蛋白宝宝的进阶分析

今天是生信星球陪你的第18天

   你想找辆共享单车，发现满街都是别家车，没有一辆你能骑。

   你想学点生信，搜了“初学者教程”，满眼尽是高大上，没有一句能看懂。

   终于你跨越茫茫宇宙，来到生信星球，发现了初学者的新大陆！

  关于蛋白，上次花花列出了基本性质分析，其中包括：

疏水性分析（protscale）

分子量和等电点（DNAMAN）

跨膜区定位（TMpred）

信号肽预测（Signal IP）

亚细胞定位（psort II）

忘记的小伙伴倒回去复习吧~

1. 氨基酸组成 Prot Param

   　　蛋白的亲疏水性是由亲、疏水性的氨基酸所占比例决定的，因此根据氨基酸组成可以推测蛋白的亲疏水性，验证与软件分析是否一致。

   

   这神奇的软件也能预测等电点、分子量、消光系数等，一步到位！

2. 蛋白修饰位点

   （1）糖基化 

   Net OGlyc 　　http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/

   （2）磷酸化 

   NET phot 　　http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/

   　　糖基化和磷酸化均属于蛋白质翻译后修饰。

   　　糖基化可以帮助机体蛋白质抵抗消化酶，赋予蛋白质传导信号的功能。

   　　磷酸化在细胞信号转导的过程中具有重要作用，可以导致其三维结构对蛋白活性的调控改变。

3. 氨基酸序列卷曲螺旋区域 COILS http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html

   　　卷曲螺旋是存在于多种天然蛋白质中的一类由2 股或2 股以上右手α － 螺旋相互缠绕而形成的平行或反平行左手超螺旋结构的总称。主要存在于一些转录因子、结构蛋白、膜蛋白以及酶中，在跨膜蛋白中，卷曲螺旋在细胞与外界环境之间的物质与信息交换中可以发挥重要功能。
   

4. 构建进化树 ClustalW2，MEGA
   

5. Motif查找 

   scansite https://scansite4.mit.edu/4.0/#home

6. 功能域分析

   prosite http://au.expasy.org/prosite

   SMART http://www.expasy.ch/SMART 

7. 保守结构域查找 NCBI conserved domain

   https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/docs/cdd_search.html

   
   

   字虽然少，都是干货

   –花花

   
   

　　初学生信，很荣幸带你迈出第一步。

　　我们是生信星球，一个不拽术语、通俗易懂的生信知识平台。需要帮助或提出意见请后台留言或发送邮件到Bioplanet520@outlook.com~